許多企業於編製合併報表的過程中深深感受到人工手動編製的困難與複雜性，於是趁著政府推動全面導入 IFRS 的這個時機，計畫自行開發一套為企業量身打造之合併報表系統。然而，要自行開發合併報表系統不只是成本與效益的考量，更需要瞭解開發過程將會遭遇到的困難點，以避免投入大量人力與物力後卻得不到預期的成果，現將這些困難點分述如下：
資訊開發人員必須熟知高等會計知識領域的合併沖銷邏輯
編製合併報表的技能是屬於高級會計學的領域，相關的合併沖銷邏輯有相當程度的複雜性，而且如何將高等會計知識領域的合併沖銷邏輯轉化成資訊系統也是另一個高難度的挑戰。
合併沖銷邏輯大致上分為兩部份─股東權益沖銷與內部交易沖銷，股東權益沖銷必須考慮：
- 直接持股、間接持股、聯屬持股、交叉持股等持股狀況。
- 購買、處分、收益認列、股權異動認列等長期投資價值異動。
- 發行股利、增減資、買賣庫藏股等股東權益異動。
另外，內部交易沖銷包含了：商品交易、財產交易、資金融通、資產租賃與債權債務等範疇。
以上這些編製合併報表必須處理的情況對一般的財會人員來說已經是非常複雜且艱難的，更何況不同的會計師對相同的情況甚至會有不同的處理方式，所以系統不僅必須可以處理上列各種狀況，亦須具備彈性的合併沖銷邏輯設定以符合不同處理方式所產生的結果。
再者，考量編表期間進行內部交易以及股權沖銷時，由於企業集團內的子公司並非皆使用相同的幣別，所以必須進行報表的匯率轉換，為此系統必須提供設定幣別之間的匯率資訊，包含損益科目所使用的平均匯率、資產負債科目所使用的期末匯率以及股東權益所使用的歷史匯率，且系統進行報表轉換時亦須根據不同的科目性質使用不同的匯率，處理沖銷的過程中系統亦須可以產出各層母子公司間的合併沖銷分錄與合併工作底稿。
此外，雖然系統開發人員可以閱讀高等會計學的書籍來獲取編製合併報表的相關知識，但這類的書籍通常都是以理論的角度以及最簡單的狀況來說明如何編製合併報表，而此與實務上狀況有極大的差異存在，甚至會誤導資訊開發人員的思考方向與架構設計，讓辛苦開發出來的系統無法套用在實務上，而枉費系統開發人員的努力。
合併財務報表系統必須開發出具備多樣性的功能
- 開發系統必須考量集團可能因為不同的情境考量或是在不同的會計準則下必須編製多套不同的帳務資料，所以系統須依需要儲存多重帳本之資料，例如可編製自結數、查核數、預算數與預測數等多版本的合併報表。
- 於本文前面有提到，系統必須設計支援多種幣別換算且可依各組織架構判定母公司所使用之幣別，自動進行匯率換算，但匯率的轉換於合併沖銷處理中屬於複雜且容易出錯的一環，一旦系統處理邏輯發生錯誤，不僅報表資料不具任何價值，針對系統問題的追查，勢必也要花費相當程度的時間。
- 為了因應不同的財務處理狀況，系統必須設計可彈性調整的沖銷邏輯，以便將欲沖銷的科目分組，並交由系統全部自動沖轉，而在設計過程中，必須花費許多時間與精力考量各種可能發生的情況，並且必須經過多次與會計專業人員的討論以確認其合理性，如此才能針對會計準則的變動並快速的調整設定以編製合理的財務報表。
- 因為集團財會人員或會計師在處理內部交易沖銷時，常常發生內部交易對帳不平的情況，所以開發系統時必須提供內部交易對帳平台，讓財會人員可以將繁瑣的資料轉入系統，以便迅速產出以交易金額比對的差異結果，而開發過程中必須考量到各種內部交易的情況以設計出彈性的沖銷處理方式，否則將會增加日後修改系統的各種風險。
- 為了配合提供審計目的之需求，系統開發時必須考量編製合併報表時的所有計算過程，並保留數字運算過程與稽核軌跡，然而，實際上要產出一份可以讓會計師或財會人員可以接受的報告並非是一件簡單的事，許多國外知名大廠的系統亦無法產出沖銷過程之數字，若系統無法提供此功能，則將來如果要找出合併沖銷過程的問題點，對於財會人員將會是一個很大的困擾與麻煩。
開發時程緊迫
若企業現在才投入資源自行開發，對於2012就必須雙軌進行編製 ROC GAAP 與 IFRS 合併報表的時程來說，已經可以說是一項相當困難的任務。
除了開發上的難度之外，尚須花費相當多的時間進行系統的驗證與修改，倘若最後因系統的問題而導致編製的合併報表無法通過會計師的審核與主管機關的認可，不僅投入的資源將付諸流水，甚至可能遭受主管機關裁罰的與投資大眾的不信任，對集團的傷害與影響是不能用金錢予以衡量的。
