開立電子發票之後，需要在一定時間內上傳財政部電子發票整合服務平台（以下簡稱 財政部大平台）。資料上傳方式，可以是登入財政部大平台網站後人工登錄，或以檔案方式整批上傳。這兩種資料上傳的方式差別在於，後者可整批處理且可避免人工出錯，亦可由系統自動處理。若是透過加值中心處理者，一般也都會提供以上兩種方式。
提醒：電子發票人工登錄，若發生金額記載錯誤，則可能因此被罰鍰。
另外，電子發票系統的規劃，亦要注意各狀態的記錄及管控。並且，由於電子發票之開立、作廢、銷貨退回、進貨退出或折讓，應經交易相對人同意，營業並應留存該同意訊息與相關證明文件，至少保留五年。因此系統對歷史資料應要至少保留五年，且應注意歷史資料對整個系統執行效能的影響。
電子發票實施作業要點新政策
財政部依「電子發票實施作業要點」規定，之後開立電子發票必須使用丁種專用字軌，未使用電子發票專用字軌者，將無法上傳至財政部大平台存證。
政策 - 電子發票證明聯
為符合雲端儲存的定義，紙本電子發票自 103 年 1 月 1 日起正式更名為「電子發票證明聯」。且對於紙規、紙質及一維、二維條碼皆有規範。電子發票證明聯之過渡措施：B2B 之營業人開立電子發票無法列印電子發票證明聯者，得將專用字軌號碼列印於上述發票紙本、載明申報格式代碼，並將發票資訊傳輸至整合服務平台。
政策 - 虛實合一
凡開立電子發票的虛擬消費通路皆可用載具索取電子發票，並接受手機條碼與愛心碼，方便民眾透過手機條碼統一管理虛擬與實體消費通路的電子發票，營業人也能免除以往三聯式電子計算機發票的相關作業成本，提升經營效率。
政策 - 電子發票專用字軌（丁種字軌）
為便利營業人使用電子發票，自 103 年 1 月 1 日起，皆需使用電子發票專用字軌(丁種字軌)開立電子發票，可避免二、三聯發票字軌交互使用的情況，將有助於提升營業人與記帳業者的發票管理效能。
電子發票傳輸規範
- 開立檢核
- 使用當期丁種字軌
- 使用平台取號之號碼區間
- 號碼不可重覆使用
- B2C 發票應檢核載具與列印情形，及四位數字隨機碼
- B2C 發票列印證明聯應與上傳存證一致
- 上傳時效
- 開立後 24 小時內上傳
- 平台將產出超過時間上傳之營業人資訊提供國稅局稽核
- 每日檢核：每日比對上傳成功與實際開立筆數，確保無漏傳情形
