現在正處於轉換至電子發票新時代的階段，有別於過去紙本發票需隨貨送遞或以郵寄送達，電子發票是透過網路傳送，因此作業效率大幅提升，也能即時查詢相關資訊。對買方可降低紙本發票整理、保管、核對作業；對賣方可節省郵寄費用並有助於減少人工錯誤。
資格申請及導入之常見問題
- 統一發票種類：三聯式統一發票（紙本）、二聯式統一發票（紙本）、特種統一發票（紙本）、收銀機統一發票（紙本）、電子計算機統一發票（紙本）、電子發票（紙本、無實體）。
- 電子發票仍屬統一發票之一種，仍需依統一發票使用辦法按期或按月申報營業稅。
- 營業人向財稅主管機關申請核發的丁種字軌及號碼區間，全部都要依電子發票使用辦法所規定的時限上傳至財政部電子發票整合服務平台。上傳時限，自開立時間起算：B2C 為 48 小時，B2B 為 7 天，空白未使用字軌亦需依時限上傳。
- 電子發票模式分類：B2C 存證模式、B2B 存證模式、B2B 交換模式、B2G模式。
- 銷項電子發票必須先有開立，才有作廢或折讓。進項電子發票亦同。
- B2B 的電子發票模式，可依客戶分別設定為 B2B 存證模式或 B2B 交換模式。電子發票模式一經設定，可以修改。例如：某客戶原本僅接受 B2B 存證模式，待買賣雙方企業協議妥交換模式後，再將該客戶的電子發票模式設定改為 B2B 交換。
- B2C 電子發票，需提供買方消費者以載具索取電子發票，或捐贈。
- 電子發票證明聯，應依規定格式與紙質。
- 電子發票證明聯列印格式：
- 5.7 cm 寬、9 cm 長。正面二維條碼（含）以上以及背面應記載事項、感熱紙紙質規範，皆需依規定。
- 21 cm 寬、29.7 cm 長。限營業人與營業人、機關團體交易時適用，正面應記載事項，需依規定。
- 電子發票管理系統與統一發票系統的整合：兩者系統的整合，僅需做好前置作業及設定，將可維持原有開立發票/折讓的流程，作廢時亦同。不會因為導入電子發票而改變操作流程，進而達到無感上線。亦可整合外部開發票系統如：POS 系統（Point of Sales，銷售點管理系統）或電商系統（電子商務管理系統）針對已開立的 B2C 銷項發票/折讓資料透過介面匯入，一則可上傳至財政部電子發票整合服務平台，另一則可提供營業稅申報。
- 一套好的電子發票管理系統，應可支援同一企業集團的多個稅籍編號。
電子發票的應用勢在必行，透過電子發票交易資訊建立發票雲雲端資料庫，不僅節省時間、成本、人力，更能深入清楚追蹤產品供應鏈資訊；亦能第一時間提供交易資料於買方營業人，可提供作為請採驗及請款流程使用。讓政府轉換電子發票的用心，營業人放心，消費者安心，共創三贏局面。
資通電腦 eGUI ( Electronic Government Uniform Invoice ) 電子發票管理系統配合政府法規，協助企業實施電子發票解決方案，並提供電子發票申請、開立、上傳、使用的全程輔導。輕鬆管理 B2C、B2B 電子發票，與企業共創 100% 致富關鍵價值！
【註】電子發票指依統一發票使用辦法第七條第一項第六款規定，營業人銷售貨物或勞務與買受人時，以網際網路或其他電子方式開立、傳輸或接收之統一發票。營業人與整合服務平台介接應使用依政府憑證管理中心規定申請之憑證、財政部核可之憑證或電子簽章方式，開立或傳輸電子發票。經所在地主管稽徵機關核准營業登記之營業人，即取得使用電子發票之資格，得以前點之憑證或電子簽章於整合服務平台進行身分認證後，使用電子發票。營業人開立電子發票，應使用電子發票字軌號碼。上開字軌號碼，由營業人向所在地主管稽徵機關申請，經核准後於整合服務平台取號。電子發票之開立、作廢、銷貨退回、進貨退出或折讓，應經交易相對人同意，營業人並應留存該同意訊息與相關證明文件，至少保留五年。