目前大多數企業廠商導入電子發票模式以委託加值服務中心，或是自行建置電子發票系統導入 Turnkey 兩種模式為主，以下將針對兩種模式在交換介接時要注意的地方進行簡介與說明。
委託加值中心可能隱藏的危機，並需注意後續服務品質
委託加值服務中心模式者，通常由開立人提供符合其格式要求之一般性檔案，加值服務中心收到後會轉成符合「電子發票資料交換標準訊息建置指引」（MIG）規定的檔案格式，再由其憑證加密經由自建 Turnkey 代傳給財政部電子發票整合服務平台（以下簡稱大平台），接著買受人到大平台接收電子發票資訊下來，檢查後回覆確認接收或拒絕訊息，再由大平台傳回加值服務中心，開立人最後將確認訊息逐筆註記到每張發票，完成整個開立銷項電子發票流程。
這裡有幾個問題要考慮的，首先電子發票內容主要是客戶名稱、品名、數量和價格等屬於公司高度機密資料，開立人以一般性檔案交付時，加值服務中心一目了然，就算要求事先加密後交付，加值服務中心收到加密檔案後還是要先解密後才能轉成符合 MIG 規定的檔案格式再由 Turnkey 加密轉傳大平台，有如國王的新衣毫無隱私性可言。只能靠一紙保密協議書做形式上的約束，實在毫無保障，將來有可能會發生企業銷貨資訊外流，也可能發生加值服務中心內部不肖員工竊取盜賣，甚至資料外洩到競爭對手的情況。
再者，開立人每天要將銷項發票轉成一般性檔案再委託加值服務中心做後續交換作業，除了轉檔繁複、重複人工輸入造成防呆機制不易建立，當檔案傳入加值服務中心後，如同進入黑箱作業，開立人完全無從知悉。由於加值服務中心只重視檔案傳送功能，對於管理性需求大多請使用者直接到大平台查詢，在系統整合性不足的情況下，就會有即時性的查詢報表欠缺，事後的統計報告不充分的問題。目前登記有案的加值服務中心共 140 家業者，已遠超過市場的需求量，勢必影響服務品質，造成服務水準參差不齊。長期入不敷出之下，未來整併勢所難免，對於後續的服務品質，企業需納入考量。
自建 Turnkey 電子發票適合注重高安全及效率的企業
如果針對採用自行建置電子發票系統導入 Turnkey 模式者，開立人將電子發票資料轉入自建電子發票系統中，轉成符合 MIG 規定的檔案格式後，傳入內網之 Turnkey 系統，再佐以工商憑證 PKI 加密直接上傳到大平台。接著買受人到大平台接收電子發票資訊，經驗收無誤後回覆確認訊息，再由大平台傳回開立人，開立人最後將確認訊息自動逐筆註記到統一發票系統中，完成整個開立銷項電子發票流程。對存證或交換介接模式，電子發票傳送過程只有賣方、大平台（公部門）及買方，並採用工商憑證 PKI 加解密，符合電子簽章法，具備高隱私性及安全性，將來買受人也不能否認未收到確認過的電子發票。
自行建置電子發票系統導入 Turnkey 模式，從申請字軌、傳送發票排程、成功傳送筆數、失敗更正重傳、電子折讓作業、發票確認或拒絕註記、未收到確認清單、做廢發票及空白發票管控等，所有資料都存放在自行建置的電子發票系統中，可以在任何時間查詢。既使是更複雜的進項發票交換介接模式，也能減少人工輸入作業一鍵到底，達到請購／採購／驗收作業自動化及應付帳款科目鏈結的效率。
